
[절세 전문가 제네시스박 칼럼] 말소임대주택 활용법 4가지
주택임대사업자 제도는 현재 임대업을 하고 계신다면 반드시 알아둬야 할 제도 중 하나입니다. 물론 현재는 아파트 신규등록이 여전히 불가하기에 반쪽짜리 제도지만, 기존에 등록하셨던 분들 그리고 현재에도 비아파트 신규등록을 고민 중이신 분들이라면 당연히 이에 대해 공부를 하셔야 합니다.
오늘은 이 중에서도 말소된 임대주택을 어떻게 활용하면 좋을지 살펴볼 텐데요, 생각보다 장점이 많고 향후 다가올 수 있는 양도세 중과시대에도 유용한 부분이 있으니 꼭 숙지하시기를 바랍니다.
첫째, 말소 임대주택 유형은 ‘따로’ 있습니다!
등록임대주택이라고 해서 모두 말소가 되는 것은 아니며, 해당하는 유형이 따로 있습니다. 즉 단기는 모든 유형 그리고 장기는 아파트만 해당합니다.

과거 2018년 초기에 임대주택 등록을 많이 하셨는데요. 당시 단기임대주택(현재 삼삼엠투를 활용하는 단기임대가 아니며, 지자체 및 세무서 등록을 마친 등록임대주택 중 단기임대를 의미)은 의무임대기간이 4년이기에 현재는 거의 모두 자동말소가 된 상태이고 8년 이상 장기임대주택은 현재에도 의무임대기간이 남아있겠지만 아파트만 말소가 가능하니 이 부분을 유의하시기를 바랍니다.
즉, 아파트 외 단독, 다가구 등은 장기임대주택인 경우 자진말소 혹은 자동말소가 불가능하다는 의미입니다.
둘째, 말소 유형은 자진말소 그리고 자동말소 크게 2가지로 구분됩니다.
자진말소는 말 그대로 주택임대사업자 스스로 말소하는 것인데, 다만 임차인 보호를 위해 이에 대해서는 '임차인 동의서'를 받아야 합니다. 자동말소는 의무임대기간이 종료되면 해당 지자체에서 자동으로 말소하는 제도입니다.

따라서 해당 주택을 조기 매각하려면 자진말소를 해야 하는데, 이때는 임차인 동의서를 받으셔야 하고 자진말소가 가능한 주택 유형이어야 합니다. 가령, 현재 장기임대주택인데 오피스텔이라면 임차인 동의서를 받더라도 자진말소는 불가합니다. 말소 대상 유형이 아니기 때문입니다. 물론 거액의 과태료(3천만 원 이하)를 부담하면 매각할 수는 있겠지만 득실을 잘 따져야겠죠?
셋째, 조정대상지역 혹은 그 인근에 있는 물건이라면 가급적 자동말소를 추천합니다.
등록임대주택의 경우 세법상 요건을 준수하면 추후 양도세 중과배제가 가능합니다. 이때 세법상 요건이란 다음과 같습니다.

이상의 내용을 준수하고 자동말소를 할 경우, 언제 매각하더라도 양도세 중과는 해당하지 않습니다. 다만 의무임대기간 중 2분의 1 이상을 임대하고 임차인 동의를 받아 자진말소할 경우(당연히 자진말소 유형만 가능), 이때는 자진말소 후 1년 이내 매각해야 양도세 중과배제가 가능합니다.
물론 지금은 양도세 중과 유예 기간이고 25.5.9까지 예정된 시기도 1년 더 연장될 가능성이 높습니다(연말에 발표될 2025 경제정책방향 근거). 하지만 이미 조정대상지역에 위치한 주택이고 혹은 그 인근에 있는 물건이라면 저라면 급한 상황이 아니라면 자동말소가 되도록 임대할 것입니다.
넷째, 주택임대사업자 거주주택 비과세의 경우 ‘직권말소’는 거주주택을 미리 매각하는 것이 유리할 수 있습니다.
앞서 말소 유형은 자진말소와 자동말소가 있다고 말씀드렸는데요, 이와 별개로 ‘직권말소’가 있습니다. 직권말소란 해당 임대주택이 재건축, 재개발 등 정비사업이 시행됨으로써 더 이상 임대를 할 수 없는 경우 관할 지자체가 ‘직권으로’ 말소하는 것을 의미합니다.
다만 이 경우 세법에서 규정한 바가 없으므로 주택임대사업자 거주주택 비과세 특례가 불가합니다. 따라서 이때는 해당 임대주택이 직권말소가 되기 전에 거주주택을 매각함으로써 비과세하거나 혹은 아예 장기 보유로 가거나 등의 계획을 세우셔야 합니다.

그림에서 보시는 것처럼 하나는 거주주택, 다른 하나는 등록임대주택이고 해당 임대주택이 정비사업이 진행되는 경우입니다. 정비사업이 순조롭게 진행되면 ‘관리처분계획 인가’ 단계가 있는데 해당 사업의 거의 마지막 단계라고 보시면 됩니다. 즉 이후에는 이주, 철거, 착공 등의 단계를 거치는데 해당 주택이 멸실되므로 당연히 임대가 불가합니다. 이에 따라 관할 지자체가 ‘직권말소’를 할 수 있는 것입니다.
얼핏 보면 자동말소와 유사해 보이지만 의무임대기간을 충족하지 않은 것이므로 자동말소와는 다릅니다. 또한 세법상 관리처분계획 인가 이후 주택은 ‘조합원 입주권’이라고 해서 주택은 아니지만 다른 주택 양도세 비과세 판단 시 주택수에 포함이 됩니다.
따라서 직권말소가 된 이후에 거주주택을 매각하면 세법에서 정한 ‘주택임대사업자 거주주택 비과세 특례’는 불가합니다. 직권말소된 주택(입주권)이 주택수에 포함이 되고, 이에 대한 세법상 특례가 없기 때문입니다.
그러한 이유로 만약 거주주택을 비과세하려면 해당 임대주택이 직권말소가 되기 전 먼저 매각함으로써 비과세하시는 것이 좋습니다. 혹은 그림에서 거주주택과 임대주택 모두를 끌고 갈 계획이라면 장기적 관점에서 접근하시되, 둘 다 비과세는 불가합니다.

이렇듯 등록임대주택은 말소제도가 도입됨으로써 상당히 복잡하고 어려워졌습니다. 어떤 경우든 말소가 되면 보유세 혜택은 불가합니다. 이를 다시 받으려면 재등록을 해야 하는데 아파트는 신규등록이 불가하므로 혜택을 받을 수 없습니다.
말소 유형이 아닌 비아파트 장기임대주택은 의무임대기간이 종료되더라도 주택임대사업자가 이를 말소하지 않으면 보유세 혜택은 가능합니다. 따라서 매도 타이밍을 잘 보시고 적당한 시기에 말소 및 사전에 ‘양도 신고’를 하시고 매각하면 됩니다. 양도 신고를 하지 않으면 과태료(3천만 원) 부과대상입니다.
만약 말소 대상이라면 가급적 자동말소까지 두시길 바랍니다. 그동안 보유세 혜택도 받고 추후 언제 매각하더라도 양도세 중과는 해당하지 않기 때문입니다. 물론 관련 세법상 요건은 모두 준수하셔야 합니다.마지막으로 거주주택 비과세 특례는 확인해야 할 사항이 많아서 실수가 발생할 수 있기에 반드시 세무사 등 세무대리인과 사전 확인 후 진행하시면 좋겠습니다.
정리하면, 말소대상 임대주택은 특별한 사정이 없다면 가급적 장기 보유하시면서 보유세도 줄이고 특히 향후 적용될 수 있는 양도세 중과에 대비하시기 바랍니다. 제도가 좀 복잡하고 어렵지만, 잘만 활용하면 매우 유용합니다. 다음 시간에는 주택임대사업자 거주주택 비과세 특례에 대해 살펴보겠습니다. 감사합니다.

*본 콘텐츠의 내용은 2025년 1월 8일을 기준으로 작성되었음을 안내드립니다.
*외부 필진의 기고 내용은 삼삼엠투의 운영 방향과 다를 수 있습니다.